要让雷神种子实现飞行功能，首先需要确保角色身上携带雷种子或处于雷元素附着状态。这是触发飞行机制的基础条件。靠近地图上的雷极后，角色会自动与雷极连线，屏幕下方的特殊按键会亮起，点按该按键即可向雷极移动。雷极通常分布在稻妻区域的空中或特定地点，附近一般会有雷樱枝条，靠近后可自动获得雷种子。若需附着雷元素，可对水面释放雷元素战技或接触环境中带有雷元素的事物。
飞行操作的核心在于掌握雷极与雷种子的联动机制。每次点按特殊按键，角色会以雷电形态瞬间移动至目标雷极位置，移动次数取决于当前区域雷极的数量。飞行过程中需注意观察雷极分布路径，避免因操作中断导致坠落。部分高空雷极需要从影向山等制高点借助风场或传送锚点辅助起飞。清籁岛等区域还存在传送门机制，可在传送过程中打断并触碰高空的雷神瞳。
雷种子的等级会影响飞行功能的适用范围。低等级雷种子无法穿越高阶若雷结界，需通过提升神樱眷顾等级强化雷种子效能。部分特殊场景如清籁丸高空雷神瞳获取，必须借助满级雷种子才能突破结界限制。使用大炮等特殊装置时，雷种子无等级要求，但需完成踏鞴物语系列任务解锁功能。调整装置角度后，雷种子可辅助校准弹道轨迹。
飞行过程中可能遇到雷祸区域，持续雷元素伤害会威胁角色生存。携带雷种子可显著降低环境伤害，但需注意雷种子持续时间有限。当雷种子消失时，飞行能力会立即中断。建议在复杂地形飞行前规划好路线，优先激活沿途的传送锚点。若需长时间探索雷元素浓度过高区域，可搭配北斗等雷元素角色提供额外防护。
该机制的实际应用不仅限于快速移动，还能解锁隐藏收集要素。稻妻地区约181个雷神瞳中，有38个需要通过雷极飞行获取。部分雷神瞳位于雷结界内部，需先引导雷灵归位或解谜指针机关才能激活雷樱枝条。八酝岛等区域的连续雷极网络可实现超长距离位移，是探索蛇神之首等复杂地形的关键手段。
