元气骑士前传中共有7个主要隐藏BOSS，分别是黑骑士、大巫师、美杜莎、精灵曼陀罗+曼陀罗花、史莱姆王水晶、阿努比斯和黄金巨蟹。这些BOSS分布在不同的地图区域，并且只在特定时间段出现，击败后可获得专属装备和套装。隐藏BOSS的触发需要玩家通关第一周目，部分BOSS还需满足二周目或三周目条件。
黑骑士出现在废旧城堡地图，时间为18:00-20:00，使用重剑攻击并具备黑暗魔法能力，会释放诅咒和恐惧效果。大巫师在20:00-07:00出现在同一地图，擅长元素魔法并拥有魔法护盾。美杜莎的活动时间为07:00-18:00，位于潮湿溶洞，具有石化光线攻击和召唤小蛇的能力。精灵曼陀罗与曼陀罗花组合在20:00-05:00出现于迷雾森林，会释放花粉造成眩晕和中毒效果。
史莱姆王水晶在18:00-07:00活动于潮湿溶洞，能够分裂小史莱姆并造成范围伤害。阿努比斯出现时间为18:00-07:00，位于干燥荒漠，会使用沙尘暴和金字塔召唤木乃伊。黄金巨蟹是特殊周本BOSS，仅在周六周日6:00-18:00出现，需通过与村庄NPC守卫对话进入副本。每个BOSS都有独特的攻击模式和技能组合，需要针对性策略应对。
隐藏BOSS的装备掉落系统设计完善，每个BOSS都会掉落专属武器、盾牌、套装、戒指和卡牌。黑骑士掉落黑骑士之剑和黑骑士之盾，大巫师掉落大巫师之杖和大巫师之盾。美杜莎系列包括美杜莎之杖和套装，精灵曼陀罗掉落曼陀罗花系列装备。史莱姆王水晶和阿努比斯也各有对应名称的专属装备，黄金巨蟹则有特殊羁绊掉落。
挑战隐藏BOSS需要充分准备，包括角色等级、装备选择和元素抗性。黑骑士建议使用光属性或火属性攻击，大巫师对暗属性和雷属性较敏感。美杜莎战需注意保持距离并清理小蛇，精灵曼陀罗优先集火精灵本体。史莱姆王水晶要注意躲避冲撞并处理小怪，阿努比斯需注意沙尘暴减速和木乃伊干扰。黄金巨蟹作为周本BOSS难度较高，需要团队配合。
时间机制是隐藏BOSS系统的核心设计，游戏内时间与现实设备时间同步，也可通过调整设备时间快速触发。部分BOSS如黄金巨蟹还有日期限制，增加了收集难度。二周目和三周目会提升BOSS难度和掉落品质，高级装备需要反复挑战高难度版本。隐藏BOSS系统为游戏后期提供了持续的可玩内容和装备追求目标。
