主副将搭配是万国觉醒战斗系统的核心机制，直接影响部队的作战效能。主将的天赋技能在战斗中生效，而副将仅提供被动技能和属性加成，因此主将选择应优先考虑天赋强度。主将需达到三星以上星级才能解锁副将位，且主将等级达到20级方可配置副将。兵种加成是选择主副将的首要标准，应优先选择对当前部队兵种加成最高的统帅，例如骑兵部队选择骑兵加成最高的主将搭配机动性强的副将，如曹操配源义经的组合。
副将选择需与主将形成技能互补，常见搭配思路包括伤害型主将配生存型副将，或控制型主将配输出型副将。步兵将领理查一世常与孙武或查理马特搭配，形成攻防兼备的组合；弓兵主将则适合搭配控制型副将提高生存能力。部分特殊组合如关羽配列奥尼达能实现沉默与护盾的战术配合，李成桂作为副将可为多数输出型主将提供50%技能伤害加成。需注意副将等级提升依赖主将获取经验值，可通过战斗、经验食粮等方式培养。
野战推荐使用源义经+曹操的骑兵组合或理查+孙武的步兵组合，具有高机动性或持久作战能力；集结进攻建议采用双查组合（理查+查理）或成吉思汗+曹操，前者适合消耗战，后者擅长快速击杀；驻防时孙武+理查的双重减伤组合表现优异。打野专用组合如洛哈+任意AOE技能武将，能有效提升野蛮人讨伐效率。每个队伍应保持兵种纯粹性以发挥最大加成，避免混合兵种导致的属性稀释。
武将培养优先级直接影响主副将搭配的灵活性。平民玩家可优先培养孙武、贞德等紫将，埃塞尔弗莱德作为远征商店可兑换的橙将也值得投入。主将应优先升至60级满级，副将达到40级激活全部技能即可。天赋加点需根据定位调整，野战主将点出移速和技能盾，驻防将领侧重防御天赋。金品装备应优先配备主将，锻造材料可通过活动和日常任务逐步积累。定期检查武将技能等级，核心技能应优先升至满级。
KVK赛季中，步兵组合理查+亚历山大能有效对抗萨拉丁铁木真骑兵队；弓兵队楠木正成+海尔曼则适合新手玩家快速成型。跨服对战时注意调整装备和天赋应对不同对手，30V30联盟匹配更强调队伍功能平衡。主副将组合并非固定不变，应根据版本更新和武将调整持续优化，例如新武将图特摩斯三世的治疗削弱效果可针对特定阵容。掌握这些搭配原则后，玩家能根据自身武将库和资源状况，组建最具性价比的战斗序列。
